Deep web

Antes de mais nada é preciso saber que os navegadores comuns, como o Chrome o Firefox, Opera, entre outros, não são capazes de acessar a maioria dos sites da Deep Web, é preciso baixar o TOR.
Tor é um pacote de ferramentas para organizações e pessoas que desejam mais segurança na internet. Usando ele, o tráfego de dados gerado por mensageiros instantâneos, navegadores, SSH e outros aplicativos que usam o protocolo TCP se torna anônimo. Não é preciso instalar e você pode salvá-lo em qualquer dispositivo móvel como um pendrive ou cartão de memória e executá-lo diretamente desse dispositivo... 
O tráfego é mais seguro ao usar Tor, pois as comunicações são ligadas através de uma rede distribuída de servidores, chamados roteadores onion (Onion Router), um projeto que visa a proteção e o direito do usuário de permanecer anônimo na Internet. 
Em vez de direcionar a rota da fonte para o destino, os pacotes de dados da rede Tor assumem um caminho aleatório através de vários servidores que cobrem os traços para que nenhum observador inoportuno saiba de onde vieram e para onde vão os dados. O propósito dessa tecnologia é proteger os usuários da Internet contra a "análise de tráfego", uma forma de monitoramento de rede que ameaça o anonimato e a privacidade, atividades comerciais confidenciais e relacionamentos, além da segurança de Estado.
Dito isso, e ciente dos riscos que está correndo ao navegar na Deep Web, você está preparado para começar a navegar, desde é claro que saiba como procurar as coisas por lá.

Ps.:  Não se esqueça que o TOR é pesado e demora para acessar os sites, afinal, eles estão criptografados. Mas com uma conexão razoavelmente rápida você não terá grandes problemas.


Veja abaixo alguns mecanismos de busca usados para acessar a Deep Web:
Hidden Wiki

O mais famoso buscador da Deep Web. Na verdade ele apenas indica links de acordo com os assuntos, e é nele que se encontra as porcarias mais sórdidas e podres da Depp Web. Mas Também tem muito site cultural por lá. Recentemente sofreram um ataque dos Anonymous por causa do compartilhamento de links de sites de pedofilia. Para acessar a Hidden Wiki, basta digitar no seu TOR o endereço http://kpvz7ki2v5agwt35.onion/wiki/index.php/Main_Page e fazer suas buscas.

InfoMine

Esse buscador foi construído por um grupo de bibliotecas Norte Americanas entre elas University of California, Wake Forest University, California State University, and the University of Detroit. Dentre as muitas coisa que se pode pesquisar no Infomine estão informações  de bancos de dados, periódicos eletrônicos, livros eletrônicos, boletins, listas de discussão, catálogos de bibliotecas on-line , artigos, diretórios de pesquisadores, e muitos outros recursos. o Endereço é http://infomine.ucr.ed

The WWW Virtual Library

       
É o mais antigo catálogo WEB e foi desenvolvido por alunos de Tim Berners-Lee, o próprio criador da WEB. Para usar pode se inserir o termo na caixa de pesquisa ou simplesmente clicar no menu vertical. Endereço: http://vlib.org/

       

Intute

Embora esteja centrado no Reino Unido, o Intute envolve as Universidades mais feras da Inglaterra, e sua navegação pode ser feita tanto por assunto quanto por palavras chaves para assuntos acadêmicos como Agronomia, medicina , engenharia e etc. Conta com ajuda On-line e tem mais de 60 tutoriais ensinando habilidades efetivas de buscas na Internet.: Endereço http://www.intute.ac.uk/